Cho đến trước ngày 1 tháng 10 năm 2013, trạm giữ tên gọi chính thức là Trạm Điều hành xe buýt Sài Gòn. Khi đầu bến của các tuyến được dời về bãi đậu xe buýt ở khu B Công viên 23 tháng 9, bộ phận trung tâm điều hành xe buýt cũng dời về đó. Vì thế, bãi xe Công viên 23 tháng 9 trở thành Trạm Điều hành xe buýt Sài Gòn mới, hay Ga hành khách xe buýt Sài Gòn. Mặc dù vậy, theo thói quen nhiều cơ quan báo chí vẫn sử dụng tên gọi 'Trạm điều hành Sài Gòn' khi đề cập đến trạm cũ.

Hiện tại, trạm được gọi tắt thành Trạm Bến Thành theo tên Chợ Bến Thành ở đối diện trạm.[1] Đồng thời, hầu hết tuyến xe buýt có dừng đón ở đây cũng mang tên có yếu tố Bến Thành, như các tuyến 93 (Bến Thành - Đại học Nông Lâm), 01 (Bến Thành - Bến xe Chợ Lớn). Mặc dù vậy, một số tuyến khác có tên tương tự nhưng không qua trạm mà dừng tại Công viên 23 tháng 9, như tuyến 102 (Bến Thành - Nguyễn Văn Linh - Bến xe Miền Tây), 703 (Bến Thành - Mộc Bài).

Trong sơ đồ lộ trình tuyến xe buýt, trạm được gọi tên theo kèm điểm đón trả khách ở mặt sau trạm, như Bến Thành A, Bến Thành D, Bến Thành F.

Công trường Quách Thị Trang cũng là một tên gọi không chính thức để chỉ Trạm Điều hành xe buýt Sài Gòn.